Лекция для студентов НГУ: "Программирование как метод изучения биологии"

12 мая в 16:20 состоится лекция Дмитрия Алексеева

Программирование как метод изучения биологии

НГУ, ул. Пирогова 2, ауд. 120а (переход лабораторного корпуса)

 

Организатор лекции: Лаборатория теоретической и прикладной функциональной геномики (ТОП-100), кафедра цитологии и генетики, ФЕН, НГУ. Информация на сайте НГУ

Уже 10 лет мы анализируем большие массивы различных биологических данных - "омик" (протеомика, геномика, метаболомика, метагеномика, траскриптомика). Анализ каждого из такого типа данных подразумевает создание большого количества программных структур, таких как переменные, функции и процедуры. Мы обнаружили, что использование элементов объектно-ориентированного программирования, имеющих структуру, схожую со структурой исследуемых биологических объектов со всеми присущими им свойствами, позволяет решить сразу несколько актуальных для биоинформатики проблем. Во-первых, программный код становится более интерпретируемым с позиции как программиста, так и биолога. Во-вторых, у новичков процесс освоения биологических основ изучаемых объектов проходит гораздо эффективнее. Помимо всего прочего, за счет изменения представления объектов и унификации улучшаются возможности оперирования данными в различных проектах по анализу данных.  

В лекции будут приведены примеры работ лаборатории за последние 10 лет, посвященных изучению метагенома, транскриптома и генома человека.  

Лекция привлечет студентов ФЕН, ФИТ, ММФ, ФФ, МедФ, интересующихся биологией и программированием

Лектор: Алексеев Дмитрий Глебович к.б.н., выпускник МФТИ 2007 г. С 2005 года занимается биоинорматикой в области анализа омикс данных: протеомика, геномика, транскриптомика, метаболомика. Руководил группой и лабораторией биоинформатики в НИИ ФХМ, автор программы "Введение в биоинформатику" в МФТИ. С 2016 года участвует в работе лаборатории теоретической и прикладной функциональной геномики, ФЕН. Автор более 40 научных публикаций. Основные научные интересы — сложные системы, системная биология и микробиота кишечника.